Para escapar da análise da frequência de ocorrência das letras, uma solução consiste em substituir uma letra não por um símbolo convencionado, mas sim por um de vários símbolos. O número de símbolos referentes a cada letra do texto claro deve ser proporcional à sua frequência de ocorrência na língua utilizada. Para o Português, por exemplo, as letras A, E e O (de alta frequência) teriam vários substitutos possíveis enquanto que J, X e Z teriam apenas um. Este tipo de substituição é chamada de homofônica, palavra que deriva do grego e significa "do mesmo som", ou seja, de mesma pronúncia. Na substituição homofônica, os símbolos de substituição para a letra A são homófonos: todos são pronunciados como A.

Simeone de Crema

Em 1401, Simeone de Crema usou uma chave na qual cada vogal do texto original possuía vários equivalentes. Isto comprova que, já nesta época, o ocidente conhecia a criptanálise. Não pode haver outra explicação para o aparecimento destes múltiplos substitutos ou homófonos. O fato dos homófonos serem aplicados a vogais, e não apenas indiscriminadamente, indica, no mínimo, um conhecimento básico da análise de frequência de ocorrência das letras.

A cifra homofônica de Simeone de Crema

Michele Steno

Michele Steno, doge de Veneza de 1400 a 1413, também tinha sua cifra homofônica. Escolhia um dos muitos símbolos para cada caracter, além de utilizar nulos e caracteres especiais para certas palavras de uso frequente.

Substituição homofônica de Michele Steno

Giovanni Palatino

Giovanni Battista Palatino era conhecido como o "calígrafo dos calígrafos". Em 1540 publicou seu primeiro trabalho, chamado Libro Nuovo, com muitos exemplos de caligrafia que o tornaram famoso. Incluiu também exemplos de escritas não-ocidentais, além de hieroglifos e alfabetos cifrantes. Atualmente existem manuscritos originais de Palatino na Bodleian Library, em Oxford, e no Kunstgewerbemuseum, em Berlim.

Duque de Montmorency

Em 1552, o Duque de Montmorency usava um cifrante homofônico em sua correspondência com a Inglaterra. Observe que há uma pequena nomenclatura associada, onde palavras inteiras são substituídas, como Rei da França, Inglaterra, guerra, etc. Além disso, para aumentar a segurança da cifra, Montmorency também fazia uso de nulos.

A cifra homofônica de Palatino

A cifra homofônica do Duque de Montmorency