Um alfabeto cifrante é um conjunto de símbolos que serão utilizados para substituir os símbolos (letras) originais. Numa substituição polialfabética utilizam-se múltiplos cifrantes para substituir os caracteres de uma única mensagem.

Os alfabetos não precisam necessariamente ser de origens diferentes, por exemplo um alfabeto romano e outro cirílico. O simples fato de alterar a ordem na sequência das letras já caracteriza um "novo" alfabeto. Se trocarmos a sequência original do alfabeto latino "a b c ... x y z" por "z y x ... c b a", já temos um alfabeto de substituição e "b c d ... y z a" é um alfabeto de substituição diferente. Se ambos forem utilizados para cifrar uma mesma mensagem, então trata-se de uma substituição polialfabética.

• A forma mais antiga da cifra polialfabética foi desenvolvida por Leon Battista Alberti em 1466. Seu sistema consistia em escrever o texto cifrado em letras minúsculas e usar letras maiúsculas como símbolos, denominados indicadores, para indicar a troca do alfabeto cifrante. O cifrante do Disco de Alberti era ordenado e incluía os dígitos de 1 a 4, usados para formar palavras-código de uma pequena nomenclatura. Posteriormente, formas mais modernas foram desenvolvidas, onde o cifrante era mudado a cada letra do texto claro.
• Um sistema de chave progressiva é um sistema onde os alfabetos cifrantes (ou chaves) são usados uns após os outros numa ordem pré-estabelecida. Esta cifra foi publicada postumamente num livro de Johannes Trithemius, em 1518. A tabela de substituição deste método é conhecida como Tablula Recta de Trithemius.
• A substituição polialfabética com palavra-chave é uma substituição onde uma palavra-chave indica os alfabetos cifrantes que devem ser usados. Apesar deste sistema ser chamado genericamente de Vigenère, ele foi criado pela primeira vez por Giovanni Battista Bellaso em 1553. Dez anos mais tarde, em 1563, Giambattista Della Porta adicionou o uso de alfabetos mistos a este sistema.
• Num sistema de substituição polialfabética com auto-chave há uma chave que indica a escolha inicial do alfabeto cifrante. Depois, a própria mensagem determina os alfabetos subsequentes. A primeira proposta foi de Girolamo Cardano, porém possuía falhas. Foi Blaise de Vigenère quem publicou a forma moderna da cifra com auto-chave em 1585.